Khu kinh tế Nam Phú Yên được chia thành 06 phân khu chức năng, định hướng phát triển như sau:

     Phân khu 1: Khu vực Phát triển Đô thị phía Bắc sân bay Tuy Hòa

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 3.820 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 3.100 ha và đất khác khoảng 720ha.

     – Định hướng: Phát triển khu đô thị sân bay và hình thành quỹ đất hậu cần sân bay – dự trữ phát triển mở rộng sân bay trong tương lai dài hạn, phát triển du lịch sinh thái ven sông Đà Rằng.

     Phân khu 2: Khu vực phát triển Đô thị du lịch – dịch vụ ven biển

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 3.080 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 3.010 ha và đất khác khoảng 70 ha.

     – Định hướng: Phát triển quỹ đất thương mại dịch vụ du lịch hỗn hợp khu vực ven biển, hình thành khu công nghệ cao Hòa Hiệp Bắc.

     Phân khu 3: Khu vực phát triển đô thị Hòa Vinh

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 2.570 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 1.690 ha và đất khác khoảng 880 ha.

     – Định hướng: Hình thành đô thị nén, tập trung tại khu vực lõi Hòa Vinh, kết hợp với hệ thống cây xanh, mặt nước.

     Phân khu 4: Khu vực phát triển du lịch – dịch vụ ven sông Bàn Thạch

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 1.860 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 650 ha và đất khác khoảng 1.210 ha.

     – Định hướng: Phát triển mô hình dịch vụ du lịch sinh thái bán ngập, kết hợp nông nghiệp thủy sản công nghệ cao tại hạ lưu sông Bàn Thạch, phát triển mô hình khu du lịch sinh thái ven sông, trang trại nhà vườn sinh thái.

     Phân khu 5: Khu vực phát triển công nghiệp tập trung

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 3.150 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 2.416 ha và đất khác khoảng 734 ha.

     – Định hướng: Phát triển công nghiệp công nghệ cao, công nghiệp gắn với việc phát huy lợi thế cảng biển, tập trung thu hút các ngành công nghiệp lọc hóa dầu, luyện kim, năng lượng,…vào KCN Hòa Tâm nhằm khai thác tiềm năng cảng Bãi Gốc theo Quyết định số 1579/QĐ-TTg ngày 22/9/2021 của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam thời kỳ 2021 – 2030, tầm nhìn đến năm 2050.

     Phân khu 6: Khu vực phát triển du lịch phía Nam

     – Diện tích đất tự nhiên khoảng 6.250 ha. Trong đó: Đất xây dựng các khu chức năng khoảng 1.514 ha và đất khác khoảng 4.736ha.

     – Định hướng: Hình thành tam giác phát triển dịch vụ, du lịch, thể thao đa dạng và chất lượng cao. Tôn trọng, bảo vệ hệ thống rừng phòng hộ và đặc dụng hiện có.